雷神相关的隐藏任务主要围绕神里屋敷、阵代屋敷等区域展开，涉及雷神瞳收集、机关解谜及特殊剧情触发。这些任务通常需要完成前置条件，例如解除雷暴天气、激活雷樱枝条或使用特定道具如奇特的羽毛。
神里屋敷附近存在多个雷神瞳，其中一个位于屋后悬崖下的瀑布上方，另一个在附近山上的空中，需借助雷极飞行获取。海滩边的天狐雕像旁也藏有一个雷神瞳，需使用留念镜照小狐狸雕像触发隐藏通道。进入地下机关后跟随仙灵指引，可发现第四个雷神瞳。这些收集品与稻妻区域的雷之印奖励及神樱树等级提升密切相关。
阵代屋敷秘境的解锁需先完成世界任务远吕羽氏遗事·其三，使八酝岛南部雷暴停止。随后携带雷种子穿过若雷屏障，取得镇物并交付磐柱。返回阵代屋敷后点燃四个火把，启动机关即可进入秘境。秘境内部包含原石、雷之印等奖励，同时关联稻妻地区的方块机关解谜机制。
海螺屋旁的雷神瞳需完成雷霆指针解谜。三个指针需通过雷元素引导至底盘凸起部位，角色可触碰电气水晶临时附雷。首次站位需同时校准两个指针，第二次调整最右侧指针后出现宝箱及雷灵。集齐三个雷灵后，利用雷种子飞至高空即可获取雷神瞳。此解谜还涉及限时挑战与雷樱树等级要求。
隐藏成就喂，有人吗需在稻妻离岛山洞营地后方触发秘道传送。壁画任务中，使用奇特的羽毛扫描雷鸟石雕可解锁隐藏房间，内含火把解密与雷灵挑战。击败敌人后石门开启，最后一个雷神瞳位于房间内，同时解锁成就。这些任务均需结合环境观察与元素互动，建议提前配备雷元素角色或道具。
