一周目通关过程中会遇到许多强力的神秘宝可梦，它们往往拥有独特的属性和技能组合，能够显著提升玩家的战斗效率。这些宝可梦通常包括封面神兽、悖谬种、二级神以及部分特殊形态的宝可梦。例如在宝可梦朱紫中，密勒顿/故勒顿作为封面神兽，不仅获取方式简单，实力也极为突出，其火幽属性打击面良好，培养后几乎可以轻松应对大部分战斗场景。紫版的铁武者和铁包袱作为悖谬宝可梦，在双打配合中表现尤为出色，而朱版的振翼发更是以高伤害输出著称。四大凶兽作为二级神，出场率居高不下，适合多种战斗体系。
另一款热门作品宝可梦剑盾中，老外评出的十大最强宝可梦包括具有降雨特性的宝可梦、风速狗、乐天河童等。这些宝可梦在特性、性格和技能搭配上都有独特优势，例如降雨特性宝可梦搭配水炮和风暴技能，能在战斗中形成强力压制。风速狗的恐吓特性可以有效削弱对手攻击力，而乐天河童的轻巧特性使其在速度上占据优势。龙头地鼠的推沙特性在沙暴队伍中表现尤为突出，配合地震和铁头等技能，能快速清理对手。
在口袋妖怪究极日月中，奈克洛兹玛作为故事核心宝可梦，拥有多种形态和专属Z招式，玩家可以通过究极之洞前往其他世界捕捉历代传说中的宝可梦。鬃岩狼人的黄昏形态是除白昼和黑夜形态外的第三种形态，其专属Z招式狼啸石牙飓风暴具有极高的爆发力。杖尾鳞甲龙的专属Z招式炽魂热舞烈音爆同样不容小觑，这些宝可梦在通关过程中能提供强大的火力支持。
口袋妖怪魂银的一周目通关队伍推荐中，快龙作为剧情赠送的宝可梦，虽然进化等级较高，但后期实力强劲。红暴鲤龙作为剧情宝可梦，拥有出色的水飞属性组合，而乘龙仅在特定时间或地点出现，其水冰属性在对抗龙系天王时效果显著。耿鬼和胡地作为超能与幽灵系的代表，精神干扰和影子球技能可以应对多个天王战，是通关队伍中的核心选择。
在口袋妖怪黑白中，玩家可以通过剧情获得索罗亚克，其幻觉特性在战斗中能起到迷惑对手的作用。三剑士（勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁）作为二级神，各自拥有独特的属性和技能组合，例如代拉基翁的岩石与格斗属性在对抗冰系和恶系宝可梦时效果显著。这些神秘宝可梦不仅丰富了游戏剧情，也为玩家提供了多样化的战斗选择。
一周目中强力的神秘宝可梦往往具备高种族值、独特特性或技能组合，合理捕捉和培养这些宝可梦能显著降低通关难度。玩家应根据版本差异和自身队伍需求，灵活选择适合的神秘宝可梦加入队伍。
