前往其他岛屿需要完成特定条件并获取关键道具。首先玩家需要击败关都地区的8个道馆馆主和精英四，成为宝可梦联盟冠军。随后与塞莉市镇的大木博士交流完成任务，获得前往群岛的资格。前往塞莉市镇找到大木博士的助手对话，他会给予行船票道具，这是乘坐渡轮前往各岛屿的必备物品。持有船票后回到真新镇向南走到塞莉市，在南部海港找到停靠的海狮号渡轮即可选择目的地岛屿。
要前往特定编号的岛屿如六之岛，还需额外步骤。通关主线剧情后，需要捕捉或见过150种宝可梦以获得国家图鉴，返回一之镇找橡实博士升级图鉴。部分岛屿如六之岛需要特殊通行证，需完成彩虹城NPC提供的额外任务线才能获得。在港口与NPC对话出示通行证后，才能解锁前往六之岛的航线。游戏中的4-9岛需要在通关后触发特定剧情，由NPC比尔带领乘坐破旧船只前往。
各岛屿具有独特的地理环境和宝可梦种群。六之岛包含水道迷宫、火焰之路和古代遗迹等区域，需要解决推石头、解读古文等谜题。七岛区域新增了火山洞穴、宝贝屋等地点，可捕捉稀有宝可梦并进行特殊交换。探索时建议携带会冲浪、怪力等秘传技能的宝可梦，部分区域如双子岛需要推动岩石减缓水流才能前进。岛屿上的训练家等级较高，是后期练级的好去处。
游戏后期内容主要集中在岛屿探索上。完成一之岛任务可获得彩虹票证，自由往返1-7号岛屿。六之岛设有试炼之地挑战，通过后可获得稀有道具。传说宝可梦如急冻鸟位于双子岛深处，火焰鸟在灯火山顶，需解谜才能遇见。注意官方版本中不存在8号岛，传闻中的8号岛需要通过特殊活动或作弊设备才能访问，正常游戏流程无法抵达。
岛屿系统为游戏增添了丰富的后期内容，每个岛屿都有独立剧情和收集要素。建议按编号顺序探索，先完成一之岛任务获取通行权限。部分岛屿如诞生岛是游戏起点，而六之岛、七岛则包含通关后内容。合理规划路线可以高效完成全图鉴收集，体验完整的游戏内容。记得随时与岛屿上的NPC对话，他们会提供重要线索和任务提示。
